4月2日，全新的游戏王动画始动！讲述18岁新主角集齐6（原五张）龙卡的全新故事！ 武藤游戏的时代数十年后的童实野町，演化成了阶级社会的未来都市——新童实野市。主人公不动游星驾驶着决斗盘的退化型D轮摩托以从下层区到下层区为目的奔驰。 以夺走对自己和冤家很重要的卡星尘龙的为所欲为的竞敌·骑乘决斗的冠军人物杰克·阿特拉斯所在的决斗竞技场为目的，终于游星和杰克对峙了。怀着各自的坚决信心的他俩的王牌怪兽——星尘龙与真红魔龙展开剧烈抵触！在二龙之战中突然出现的奥秘红龙，让游星的手臂显现出了龙之印。由龙之印所引导的各自的命运在这一刻末尾了。究竟为冤家而战的游星前面等候着他的会是什么？龙之印所带来的究竟又是什么呢？ 时代是游戏王GX后的几十年。 决斗盘退化！骑乘决斗大为盛行！ 在5D'S的时代，结合了摩托竞速与卡片游戏的竞技骑乘决斗，以骑乘型最新决斗盘D轮停止的高速感决斗十分盛行，让观众也跟着狂热起来！新怪兽陆续退场！新动画当然也是充溢各种决斗局面！ 从没见过的怪兽们正极度生动之中。 游戏王5D’S的卡片也有所不同了： 新规则中白色同调怪兽卡追加！ 这次的新规则中添加了一种名为同调怪兽的白色卡片，才干：放在额外卡组，假设场上的对应协调怪兽和其他怪兽的等级算计与同步怪兽的等级吻合可以特殊呼唤。
卫星区篇
以武藤游戏所在时代数十年后的童实野市为舞台。那时的童实野市被称为“新童实野市”，是一个依据身份上下分为下层地带和下层地带的阶级社会，盛行着运用被称为“D轮（D Wheel）”的摩托车型决斗盘决斗的“骑乘决斗（Riding Duel）”。 不动游星在新童实野市的下层地带“卫星区（Satellite）”中与同伴们一同生活着。因被对手——骑乘决斗的KING“杰克·亚特拉斯”偷走了自己最重要的卡“星尘龙（Stardust Dragon）”，为了把它夺回，游星逃出了卫星区。
Duel of Fortune Cup篇
再会后的游星与杰克在Stadium停止了骑乘决斗。在白热化的战役展开途中，两人的手臂突然出现了印记，最后随同着双方的王牌龙相互攻击，奥秘的红龙出现了。得知此事的治安维持局长官雷克斯，将游星的同伴捉走作为人质，强迫他参与优胜者可以取得向KING杰克的应战权的“Duel of Fortune Cup”大赛。在这个大赛里被雷克斯吸引过去的游星、超才干决斗者十六夜亚纪、天赋决斗少女龙可、还有杰克4人、都醒悟为“红龙的龙印者”，最后取得优胜的游星在与杰克的决斗中取得了成功，成为了新的决斗王。
暗印者篇
原来Fortune Cup是歌得温为了集合龙印者所举行。另一方面，一群名为“暗印者”的决斗者曾经跃跃欲试，他们可以展休会令决斗者遭到真实损伤的“黑暗决斗”，以及运用一种叫“黑暗同步”的新战法，以及在面前控制他们的“地缚神”。游星以建造衔接卫星区和都郊区的代达罗斯桥为条件，前往卫星区阻止“暗印者”的方案。
WRGP篇
与“暗印者”之战半年后，衔接卫星区和都郊区的桥梁终于完成，彼此的界限总算消逝。全市还建造了少量专为骑乘决斗而设的高速公路，还开发了高速世界2取代以前的高速世界，世界大赛“WRGP”开幕在即，游星等人组成“5D'S队“参赛。但是，新的要挟曾经悄然地来临——奥秘组织“太一”的三皇帝出现，运用可以吸收同步怪兽的“机皇帝”欲图消灭童实野市，郊区上空不时显现不祥的黑影。双方在大赛决战相遇，这场战役的胜负将决议童实野市的存亡。
弧线摇篮篇
虽然阿波利亚被打败，带来消灭的黑影正体”弧线摇篮“还是出现了，童实野市危在旦夕。而主使这一切的”Z-ONE（忘-我）“也终于浮出水面，来自被破灭未来的他要消灭灾祸的肇源童实野市改动未来。游星等人不能认同他的做法，登上”弧线摇篮“与”Z-ONE“展开最后的决战。最终，Z-ONE被游星击败，弧线摇篮消逝，游星挽救了童实野市，平安归来。
后日谈
Z-ONE被打败数年后游星等人的故事。
副注
如今看到的故事剧情是在Z-ONE介入改动历史后的状况。原本的历史到暗印者就是最终BOSS，没有WRGP存在。之后游星与同伴参与各种国际大赛，在不时的磨炼中领悟“CLEAR MIND”、减速同步、三角减速同步，成为将人类领向退化新时代的传奇人物。但在未来人类由于过快退化滥用同步而恶欲膨涨，招来消灭。Z-ONE为改动介入了过去改动了历史，故事才有了如今的状况。
